無(wú)菌室一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨(dú)立小房間（與外間隔離），專(zhuān)辟于微生物實(shí)驗(yàn)室內(nèi)，可以用板材和玻璃建造。無(wú)菌室外要設(shè)一個(gè)緩沖間，錯(cuò)開(kāi)門(mén)向，以免氣流帶進(jìn)雜菌。無(wú)菌室和緩沖間都必須密閉、室內(nèi)裝備的換氣設(shè)備必須有空氣過(guò)濾裝置。在獲得了無(wú)菌環(huán)境和無(wú)菌材料后，只有保持無(wú)菌狀態(tài)，才能對(duì)某種特定的已知微生物進(jìn)行研究。

在條件較困難的地方，也可以用木制無(wú)菌箱代替超凈臺(tái)。無(wú)菌箱結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單，便于移動(dòng)，箱正面開(kāi)有兩個(gè)洞，不操作時(shí)用推拉式小門(mén)擋住，操作時(shí)可以將雙臂伸進(jìn)去。正面上部裝有玻璃，便于在內(nèi)部操作，箱內(nèi)部裝有紫外線(xiàn)燈，從側(cè)面小門(mén)可以放進(jìn)去器具和菌種等。

一般微生物檢測(cè)按照實(shí)驗(yàn)室行業(yè)要求都需要在無(wú)菌室中進(jìn)行，很多食品菌、微生物等都是在超凈工作臺(tái)中完成檢測(cè)和化驗(yàn)的。

隨著社會(huì)科技發(fā)展，國(guó)家越來(lái)越重視食品問(wèn)題，無(wú)菌室空氣凈化工程也在不斷的普及。有了無(wú)菌室凈化工程，將超凈工作臺(tái)放置于無(wú)菌室內(nèi)操作，使實(shí)驗(yàn)環(huán)境更加潔凈，實(shí)驗(yàn)樣品不易于被污染。

無(wú)菌室內(nèi)配置了百級(jí)超凈工作臺(tái)也并不是所有都可以進(jìn)行實(shí)驗(yàn)的，一般常規(guī)的菌落總數(shù)、微生物培養(yǎng)、血細(xì)胞培養(yǎng)、研究、干細(xì)胞研究、大腸菌等實(shí)驗(yàn)可以在百級(jí)超凈臺(tái)進(jìn)行。但是如果需要做致病，為了達(dá)到保護(hù)實(shí)驗(yàn)室人員的問(wèn)題，就必須得建造生物實(shí)驗(yàn)室，使用生物柜進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。該類(lèi)實(shí)驗(yàn)不能在普通的無(wú)菌實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行。