高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)，是指注冊(cè)會(huì)計(jì)師接受擬向有關(guān)部門(mén)申請(qǐng)進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的申報(bào)企業(yè)委托，對(duì)其近三個(gè)會(huì)計(jì)年度(實(shí)際經(jīng)營(yíng)不滿(mǎn)三年的按實(shí)際經(jīng)營(yíng)年限)的研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一個(gè)會(huì)計(jì)年度的高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表進(jìn)行審計(jì)，并出具專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)報(bào)告。

不論企業(yè)以前年度財(cái)務(wù)報(bào)表是否委托注冊(cè)會(huì)計(jì)師進(jìn)行審計(jì)，還是專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)與年度財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)是否為同一家會(huì)計(jì)師事務(wù)所承接，專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)都可以按照《專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)指引》獨(dú)立實(shí)施審計(jì)程序。如果結(jié)合以前年度財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)，確定的重要性水平應(yīng)當(dāng)?shù)陀谙鄳?yīng)財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)的重要性水平，確定審計(jì)范圍時(shí)應(yīng)當(dāng)考慮擬利用以前年度財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)工作中獲取的審計(jì)證據(jù)的程度。需要注意的是，應(yīng)當(dāng)結(jié)合具體環(huán)境考慮重要性的性質(zhì)和數(shù)量?jī)煞矫娴囊蛩亍?/p>

與高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入相關(guān)的內(nèi)部控制包含在企業(yè)產(chǎn)品或服務(wù)的銷(xiāo)售控制中，而如高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入與研究開(kāi)發(fā)激勵(lì)或與銷(xiāo)售獎(jiǎng)勵(lì)相關(guān)聯(lián)時(shí)，企業(yè)一般會(huì)設(shè)計(jì)或增加相應(yīng)的控制環(huán)節(jié)。注冊(cè)會(huì)計(jì)師審計(jì)時(shí)，需要了解申報(bào)企業(yè)能否確保銷(xiāo)售均已準(zhǔn)確記錄并對(duì)高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))進(jìn)行恰當(dāng)分類(lèi)。

基于申請(qǐng)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的目的，申報(bào)企業(yè)通常將近三個(gè)會(huì)計(jì)年度研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表的專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)同時(shí)委托給一家會(huì)計(jì)師事務(wù)所，《專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)指引》要求，針對(duì)研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表分別出具專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)報(bào)告。