高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項(xiàng)審計(jì)，是指注冊會(huì)計(jì)師接受擬向有關(guān)部門申請進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的申報(bào)企業(yè)委托，對其近三個(gè)會(huì)計(jì)年度(實(shí)際經(jīng)營不滿三年的按實(shí)際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一個(gè)會(huì)計(jì)年度的高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表進(jìn)行審計(jì)，并出具專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告。

要求識別和評估申報(bào)明細(xì)表層次以及各類交易、列報(bào)認(rèn)定層次的重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)。申報(bào)明細(xì)表層次重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)需要從整體上加以判斷，比如，申報(bào)企業(yè)不能提供研究開發(fā)項(xiàng)目的相關(guān)計(jì)劃與實(shí)施方案、研究開發(fā)記錄，申報(bào)明細(xì)表整體上就可能存在重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)。申報(bào)明細(xì)表層次重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)很可能源于薄弱的控制環(huán)境，特別是凌駕于內(nèi)部控制制度之上時(shí)，很可能偽造或篡改編制申報(bào)明細(xì)表所依據(jù)的會(huì)計(jì)記錄或相關(guān)文件。

在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)中，一般不專門提及與高新技術(shù)研究開發(fā)費(fèi)用支出相關(guān)的內(nèi)部控制?！秾ｍ?xiàng)審計(jì)指引》強(qiáng)調(diào)研究開發(fā)費(fèi)用控制通常屬于申報(bào)企業(yè)費(fèi)用和成本控制的重要組成部分，要求注冊會(huì)計(jì)師在對研究開發(fā)費(fèi)用控制進(jìn)行了解時(shí)，需要考慮那些影響研究開發(fā)費(fèi)用完整性、發(fā)生、準(zhǔn)確性和分類的控制點(diǎn)。同時(shí)，《專項(xiàng)審計(jì)指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務(wù)流程通?？赡馨ǖ闹饕顒?dòng)，如立項(xiàng)和預(yù)算管理、人員管理、材料和設(shè)備管理以及結(jié)項(xiàng)管理等。

1.申請企業(yè)自主選擇第三方審計(jì)機(jī)構(gòu)委托業(yè)務(wù)(基于對審計(jì)機(jī)構(gòu)業(yè)務(wù)資質(zhì)、服務(wù)團(tuán)隊(duì)、客戶口碑的充分了解)；

2.審計(jì)代理公司與申請公司進(jìn)行初步溝通了解，確定企業(yè)的審計(jì)目的和范圍，再由審計(jì)公司對申請企業(yè)的審計(jì)風(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行專業(yè)評估；

3.評估通過后，雙方簽訂正式的審計(jì)服務(wù)協(xié)議，明確審計(jì)費(fèi)用、雙方的權(quán)利和責(zé)任，并進(jìn)行初步數(shù)據(jù)交接；

4.審計(jì)代理公司應(yīng)當(dāng)成立專門的項(xiàng)目組，向受委托企業(yè)發(fā)放高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)所需材料清單；

5.申請人應(yīng)根據(jù)資料清單準(zhǔn)備相關(guān)審核材料；

6.審計(jì)代理公司審計(jì)工作組根據(jù)企業(yè)數(shù)據(jù)制定高新技術(shù)企業(yè)具體審計(jì)工作方案，為審計(jì)工作的實(shí)施打下良好基礎(chǔ)；

7.與被審計(jì)企業(yè)確定現(xiàn)場審計(jì)時(shí)間并出具審計(jì)通知書；

8.審核員進(jìn)入現(xiàn)場，審核企業(yè)提供的審核資料，對期間發(fā)現(xiàn)的審核問題進(jìn)行詳細(xì)記錄，形成審核工作底稿；

9.審核審計(jì)工作底稿，并在此基礎(chǔ)上形成初步意見；

10.與被審計(jì)企業(yè)交換審計(jì)意見；

11.在雙方一致同意的基礎(chǔ)上，為高新技術(shù)企業(yè)出具專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告。