高新技術(shù)企業(yè)專項審計，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認定辦法相關(guān)規(guī)定，對近三年的研發(fā)費用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務）收入情況進行審計，出具審計專項報告。該報告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復審使用。提供給科委、財政、稅務、工商單位及管理層和董事會等相關(guān)。

高新技術(shù)企業(yè)專項審計工作從業(yè)務承接到完成通常要經(jīng)過以下步驟：

1、會計師事務所和高新技術(shù)企業(yè)專項審計單位進行初步溝通了解，確定高新技術(shù)企業(yè)專項審計目的、審計范圍、審計收費等；并簽訂業(yè)務約定書；

2、會計師事務所安排項目組，下發(fā)委托方高新技術(shù)企業(yè)專項審計準備的資料清單；

3、被審高新技術(shù)企業(yè)專項審計單位按照資料清單準備相關(guān)審計資料，并確定現(xiàn)場審計時間。

4、現(xiàn)場審計階段；

5、審計情況匯總和形成審計報告初稿；

6、與被審高新技術(shù)企業(yè)專項審計單位交換意見；

7 、出具正式審計報告。

要求識別和評估申報明細表層次以及各類交易、列報認定層次的重大錯報風險。申報明細表層次重大錯報風險需要從整體上加以判斷，比如，申報企業(yè)不能提供研究開發(fā)項目的相關(guān)計劃與實施方案、研究開發(fā)記錄，申報明細表整體上就可能存在重大錯報風險。申報明細表層次重大錯報風險很可能源于薄弱的控制環(huán)境，特別是凌駕于內(nèi)部控制制度之上時，很可能偽造或篡改編制申報明細表所依據(jù)的會計記錄或相關(guān)文件。

基于申請高新技術(shù)企業(yè)認定的目的，申報企業(yè)通常將近三個會計年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入明細表的專項審計同時委托給一家會計師事務所，《專項審計指引》要求，針對研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入明細表分別出具專項審計報告。