高新技術企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經營不滿三年的按實際經營年限)的研究開發(fā)費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

高新技術企業(yè)是指在《國家重點支持的高新技術領域》內，持續(xù)進行研究開發(fā)與技術成果轉化，形成企業(yè)核心自主知識產權，并以此為基礎開展經營活動，在中國境內(不包括港、澳、臺地區(qū))注冊一年以上的居民企業(yè)。它是知識密集、技術密集的經濟實體。

與高新技術產品(服務)收入相關的內部控制包含在企業(yè)產品或服務的銷售控制中，而如高新技術產品(服務)收入與研究開發(fā)激勵或與銷售獎勵相關聯(lián)時，企業(yè)一般會設計或增加相應的控制環(huán)節(jié)。注冊會計師審計時，需要了解申報企業(yè)能否確保銷售均已準確記錄并對高新技術產品(服務)進行恰當分類。

基于申請高新技術企業(yè)認定的目的，申報企業(yè)通常將近三個會計年度研究開發(fā)費用結構明細表和近一年高新技術產品(服務)收入明細表的專項審計同時委托給一家會計師事務所，《專項審計指引》要求，針對研究開發(fā)費用結構明細表和高新技術產品(服務)收入明細表分別出具專項審計報告。