除了在用戶體驗上，如果不及時的清洗太陽能熱水器還會降低太陽能熱水器的傳熱效率，甚至熱能轉換效率會失效，水垢的積累還會導致微生物和的滋生和增長，會導致皮膚病的產生。若水垢過厚則會導致真空管內的熱量難以散發(fā)，甚至有爆裂危險。因此用戶需要注意，養(yǎng)成定期太陽能熱水器清洗的習慣。

磁化除垢法：磁化法水處理是使水流通過一個磁場，然后再流入管道或太陽熱水器系統(tǒng)，經過磁力線切割后，水中的鈣鎂鹽類不能結垢或不能結成堅硬的水垢，而是形成微小的顆粒，隨水流動。磁化除垢是通過磁化方式將已有的水垢清除的過程。磁化除垢的機理有兩個方面：一方面是在磁力作用下，水垢晶體發(fā)生極化，降低了水垢的穩(wěn)定性，使得水垢被不斷地溶解，被水流沖走。

變頻共振除垢法：變頻除垢器能自動產生一種變頻化的電信號，作用于太陽熱水器系統(tǒng)的進水管上，引起管道內水分子產生共振，使氫鍵結合的水分子團變成單個的極性分子，因而提高水的活性。極微小的水分子可以滲透、包圍、溶解、去除熱水器系統(tǒng)內的老垢，同時使懸浮在水中的鈣離子和碳酸根離子相互碰撞，形成其表面無電荷的紋石碳酸鈣晶體，不能吸附在管道上，從而達到除垢、防垢的目的。

長時間以來，我們忽略了對太陽能的清洗，由于水質要素，致使許多的水垢和水銹堆積其間。大大降低了太陽能的功率和熱效率，浪費能量達1/3以上，由于長時間積存水垢，不只浪費動力，而且還構成不風險，水垢致使受熱不均構成炸管，堵塞管道，水循環(huán)減速，水溫降低。具科學研究證明，水垢主要成分為鈣，鎂化合物，其他還富含多種有害的汞，鎘，鉛，砷等有害人體的元素。