據(jù)醫(yī)院官網(wǎng)2015年12月信息顯示，醫(yī)院設(shè)置165個(gè)臨床、醫(yī)技科室，233個(gè)護(hù)理單元，擁有8個(gè)國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科、1個(gè)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、20個(gè)省部級(jí)及全軍重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、33個(gè)全軍醫(yī)學(xué)專(zhuān)科中心和研究所，形成了以綜合診療為特色的13項(xiàng)專(zhuān)業(yè)優(yōu)勢(shì)。同時(shí)是全軍重癥監(jiān)護(hù)示范基地和中華護(hù)理學(xué)會(huì)的培訓(xùn)基地。設(shè)有國(guó)際醫(yī)學(xué)中心和健康醫(yī)學(xué)中心，提供高端預(yù)防保健服務(wù)。醫(yī)院年門(mén)急診量490余萬(wàn)人，收容19.8萬(wàn)人，手術(shù)近9萬(wàn)例。

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2019年7月由科技部、國(guó)家衛(wèi)生健康委、軍委后勤保障部和原食品藥品監(jiān)管總局正式批準(zhǔn)依托解放軍總醫(yī)院第五醫(yī)學(xué)中心成立國(guó)家感染性疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心。研究中心整合國(guó)內(nèi)79家協(xié)作醫(yī)院，針對(duì)慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相關(guān)疾病等病種，建立病程涵蓋臨床各個(gè)階段的大隊(duì)列，同時(shí)建立標(biāo)準(zhǔn)化的生物樣本庫(kù)、臨床診療信息庫(kù)及的疾病發(fā)病追蹤系統(tǒng)，形成涵蓋重大感染性疾病及各個(gè)病程的資源平臺(tái)，終建立我國(guó)規(guī)范的病毒性肝炎、艾滋病臨床大數(shù)據(jù)及生物樣本庫(kù)整合平臺(tái)，形成專(zhuān)業(yè)的管理團(tuán)隊(duì)，為建立符合我國(guó)人群特點(diǎn)的肝病、艾滋病診療體系提供重要戰(zhàn)略性資源。