北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所與醫(yī)院主體并稱“一院三所”，成為集醫(yī)療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫(yī)療科研聯(lián)合體。眼科、耳鼻咽喉科為教育部批準的國家臨床重點學科，變態(tài)反應(鼻過敏)科為原國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？?，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。首都醫(yī)科大學北京眼科學院和耳鼻咽喉科學院設在院內(nèi)。醫(yī)院設有世界衛(wèi)生組織防盲合作中心和世界衛(wèi)生組織防聾合作中心，附設北京同仁眼庫(國際眼庫協(xié)會會員)。
1886年，清光緒十二年，美國基督教“衛(wèi)理公會”的蘭大夫、衛(wèi)大夫在崇文門的孝順胡同開辦名為“同仁醫(yī)院”的眼科診所。
1899年，“衛(wèi)理公會”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會在北京東交民巷東口(現(xiàn)北京同仁醫(yī)院地址)使館區(qū)內(nèi)選定并購妥院址，開始籌備興建工程。
1913年，醫(yī)院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養(yǎng)院”，專門結核病。
1914年，醫(yī)院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫(yī)院的病房設在西樓，分為三層，有眼科、內(nèi)科和外科病房，眼科約占1/2。
1917年，醫(yī)院北樓落成，賀慶院長得到了中華博醫(yī)學會的資助，聘請美國醫(yī)生潘提司先生來院工作，設立牙科。1918年與協(xié)和醫(yī)院合辦牙科專門醫(yī)學校。
1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱改為“賀約翰氏捐建美以美會醫(yī)院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫(yī)院英文名稱再次更改為“賀氏紀念醫(yī)院”。
1942年，日偽北京特別市公署衛(wèi)生局接收同仁醫(yī)院全部資產(chǎn)，日偽北京市衛(wèi)生局將同仁醫(yī)院改為“市立第二醫(yī)院”，賀慶院長被迫離職。
1945年5月，醫(yī)院又由日本“開發(fā)醫(yī)療組合”接管，改名為“開發(fā)醫(yī)院”。
1945年11月14日，衛(wèi)理公會會督江長川、美國代表白輔德致函北平衛(wèi)生局，要求將醫(yī)院收回管理。次年1月，衛(wèi)理公會收回了醫(yī)院，恢復使用同仁醫(yī)院的名稱。
1949年4月，在中共北京市委及市總工會的領導下，醫(yī)院建立了工會。同年11月，建立了新民主主義青年團。
1952年7月，醫(yī)院與北京市婦嬰醫(yī)院合并，更名為“北京市同仁醫(yī)院”，增設了婦產(chǎn)科、小兒科。
1953年8月，北京市人民政府正式接管醫(yī)院，更名為“北京市立同仁醫(yī)院”。
1955年，醫(yī)院更名為“北京市同仁醫(yī)院”。
1958年10月，北京市政府決定將同仁醫(yī)院的神經(jīng)外科全部遷到以神經(jīng)外科為中心的宣武醫(yī)院。
1959年，眼科研究所成立，設有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長。
1966年，文化大革命開始后醫(yī)院更名為“北京市工農(nóng)兵醫(yī)院”。
1979年，醫(yī)院復名“北京市同仁醫(yī)院”。
1994年，更名為“首都醫(yī)科大學附屬北京同仁醫(yī)院”。
在臨床相關研究方面，眼底?？崎_展了增生性玻璃體視網(wǎng)膜病變發(fā)病機制的研究，視網(wǎng)膜下人工假體植入技術及組織相容性研究，高度近視眼致病基因定位及蛋白質組學分析，黃斑營養(yǎng)不良的致病基因定位研究，年齡相關性黃斑變性發(fā)病危險因素和早期干預研究，以及眼病的流行病學研究等。持續(xù)不斷的獲得了多項及省部級課題經(jīng)費的支持。發(fā)表了系列高質量研究論文，形成了同仁品牌效應和國際影響力。北京同仁醫(yī)院眼底?？茍猿忠耘R床服務為根本，以科研創(chuàng)新為導向，醫(yī)療、教學、科研、預防發(fā)展的目標，推動了創(chuàng)新型的科學研究工作的持續(xù)開展和學科臨床服務水平的不斷提高。
在青光眼診斷技術和方法方面，我們擁有許多先進設備：3D頻域OCT、海德堡視網(wǎng)膜斷層掃描儀(HRT)、GDx視網(wǎng)膜神經(jīng)纖維厚度測量儀、自動視野計、多焦VEP、眼底立體照相、全景超聲生物顯微鏡(UBM)、前節(jié)OCT、鞏膜上靜脈壓測量儀、回彈式眼壓計、超聲角膜測厚儀、YAG激光機、SLT激光機等各類青光眼診療設備二十余臺，先進程度與國際醫(yī)院保持同步?？蓪η喙庋巯嚓P各項生理指標進行客觀、定量的測量。自2009年設立了24小時眼壓監(jiān)測室，能夠對青光眼患者眼壓變化做出更加準確、的評價。
