中國人民解放軍總醫(yī)院前身是中國協(xié)和醫(yī)學(xué)院第二臨床學(xué)院，1953年10月，總后方勤務(wù)部衛(wèi)生部決定將“中國協(xié)和醫(yī)學(xué)院第二臨床學(xué)院”改為“軍委直屬機(jī)關(guān)醫(yī)院”。

1954年7月，總后方勤務(wù)部衛(wèi)生部將“軍委直屬機(jī)關(guān)醫(yī)院”改為“中國人民解放軍第三〇一醫(yī)院”。

1957年6月，國防部批示“中國人民解放軍第三〇一醫(yī)院”番號撤銷，改稱為“中國人民解放軍總醫(yī)院”。

軍醫(yī)進(jìn)修學(xué)院是以解放軍總醫(yī)院為依托建設(shè)和發(fā)展起來的，始建于1958年11月，1962年停辦。

1979年6月，經(jīng)中央軍委批準(zhǔn)恢復(fù)軍醫(yī)進(jìn)修學(xué)院。

1986年9月批準(zhǔn)正式列入全軍院校編制序號。

2004年全軍整編將三〇四醫(yī)院更名為三〇四臨床部，對外稱解放軍總醫(yī)院附屬醫(yī)院，列入解放軍總醫(yī)院編制序列。

2009年2月，解放軍總醫(yī)院與海南省正式簽訂共同建設(shè)海南分院戰(zhàn)略合作協(xié)議，拉開了總醫(yī)院歷史上跨地域、整建制異地辦院的序幕；

2009年8月，海南分院在三亞海棠灣破土動工；

2009年8月，解放軍總醫(yī)院第二附屬醫(yī)院（原309醫(yī)院）完成轉(zhuǎn)隸移交，隸屬總參謀部領(lǐng)導(dǎo)，更稱呼為解放軍總參謀部總醫(yī)院。

2011年12月，38.3萬平方米的現(xiàn)代醫(yī)療城竣工并投入試運(yùn)行；

2012年6月9日，解放軍總醫(yī)院海南分院正式開診運(yùn)行。

中心主任簡介：

王福生，男，中國科學(xué)院院士、主任醫(yī)師。國家感染性疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心主任，解放軍總醫(yī)院第五醫(yī)學(xué)中心感染病診療與研究中心主任，全軍傳染病研究所所長。國家杰出青年基金獲得者、國家973（肝?。╉?xiàng)目首席科學(xué)家、國家自然科學(xué)基金創(chuàng)新研究群體牽頭人。

國家耳鼻咽喉疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心，依托中國人民解放軍總醫(yī)院，于2019年5月由科技部、國家衛(wèi)生健康委、軍委后勤保障部和國家藥監(jiān)局正式批準(zhǔn)成立，也是認(rèn)定的國家耳鼻咽喉疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心，中心主任為楊仕明教授。

堅持臨床?？撇±斫虒W(xué)、理論授課、技能培訓(xùn)、科主任教學(xué)查房、疑難病例討論，突出腎活檢病理、血液透析、腹膜透析、CRRT等?？铺厣，F(xiàn)有博士生導(dǎo)師7人，碩士生導(dǎo)師13人，進(jìn)修生指導(dǎo)老師54人，指導(dǎo)“四生”教學(xué)任務(wù)，培養(yǎng)研究生（含聯(lián)合培養(yǎng)），博士后21人（6位獲得博士后基金）、博士169人、碩士233人，規(guī)培生、進(jìn)行生600余人。其中20人擔(dān)任全國三級甲等醫(yī)院的學(xué)科帶頭人，

獲得軍隊(duì)博士論文1篇、碩士論文2篇，全國百篇博士論文提名1篇。畢業(yè)的學(xué)生獲得求是杰出青年獎1名、中國青年科技獎2名、原總后科技新星2名、北京市科技新星6名。

作為教學(xué)示范窗口，接待到訪國內(nèi)外、軍內(nèi)外專家100余次。