醫(yī)院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應科、心內科、心外科、神經內科、消化內科、呼吸內科、腎內科、內分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點?？?，變態(tài)反應科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？?，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。

在科研方面，近年來，在原發(fā)性閉角型青光眼和原發(fā)性開角型青光眼發(fā)病機制和早期診斷方面做出重大成績，其科研成果連續(xù)獲得2013年和2014年國家科技進步二等獎兩項，2012年中華醫(yī)學獎一等獎一項，北京科技進步二等獎一項。同時多人多項目承擔國家和北京市重點科研項目。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？萍瘞状弁鈧说目偨Y積累、幾十年的臨床實踐診治經驗，業(yè)已形成一套具有自身特色的、在國內外業(yè)界具有良好口碑的眼外傷診斷常規(guī)，現已發(fā)展成為我國規(guī)模大、綜合技術力量強的眼外傷專科。眼外傷?？瞥_展一般常見疾病手術如：白內障摘除、人工晶狀體植入，晶狀體脫位半脫位摘除、人工晶狀體/張力環(huán)脫位半脫位復位、玻璃體切除，眼內異物取出，視網膜嵌頓、視網膜脫離復位等手術外，還廣泛開展了各種復雜眼外傷的前后段聯合手術，善于接診各類眼外傷疑難雜癥和重急癥患者，在眼外傷后各種疑難高危復雜玻璃體視網膜病變、眼前節(jié)紊亂、眼球早期萎縮、眼后房微小異物、感染性眼病、復雜性虹膜睫狀體病變以及嚴重眼化學傷等眼外傷相關疾病的診治水平處于國際水平，是國內復雜性眼外傷患者的轉診中心，使許多以往無法醫(yī)治的眼底、眼外傷復雜疑難病癥得到成功的救治。

角膜塑形鏡門診現設立在北京同仁醫(yī)院崇文門院區(qū)東區(qū)一樓視光中心門診，隸屬眼科醫(yī)學視光中心，現有醫(yī)生6人，均為副高以上職稱，專業(yè)擅長為眼視光醫(yī)學及角膜病學，在復雜角膜屈光問題，近視眼防控，角膜塑形鏡驗配，硬性角膜接觸鏡(RGP)驗配等領域具有豐富的臨床經驗。

服務人群：18-55歲的近視、散光、遠視等屈光不正，希望通過手術矯正獲得更好視覺體驗的患者。