1886年，清光緒十二年，美國基督教“衛(wèi)理公會(huì)”的蘭大夫、衛(wèi)大夫在崇文門的孝順胡同開辦名為“同仁醫(yī)院”的眼科診所。
1899年，“衛(wèi)理公會(huì)”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會(huì)在北京東交民巷東口(現(xiàn)北京同仁醫(yī)院地址)使館區(qū)內(nèi)選定并購?fù)自褐?，開始籌備興建工程。
1913年，醫(yī)院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養(yǎng)院”，專門結(jié)核病。
1914年，醫(yī)院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫(yī)院的病房設(shè)在西樓，分為三層，有眼科、內(nèi)科和外科病房，眼科約占1/2。
1917年，醫(yī)院北樓落成，賀慶院長得到了中華博醫(yī)學(xué)會(huì)的資助，聘請美國醫(yī)生潘提司先生來院工作，設(shè)立牙科。1918年與協(xié)和醫(yī)院合辦牙科專門醫(yī)學(xué)校。
1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱改為“賀約翰氏捐建美以美會(huì)醫(yī)院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫(yī)院英文名稱再次更改為“賀氏紀(jì)念醫(yī)院”。
1942年，日偽北京特別市公署衛(wèi)生局接收同仁醫(yī)院全部資產(chǎn)，日偽北京市衛(wèi)生局將同仁醫(yī)院改為“市立第二醫(yī)院”，賀慶院長被迫離職。
1945年5月，醫(yī)院又由日本“開發(fā)醫(yī)療組合”接管，改名為“開發(fā)醫(yī)院”。
1945年11月14日，衛(wèi)理公會(huì)會(huì)督江長川、美國代表白輔德致函北平衛(wèi)生局，要求將醫(yī)院收回管理。次年1月，衛(wèi)理公會(huì)收回了醫(yī)院，恢復(fù)使用同仁醫(yī)院的名稱。
1949年4月，在中共北京市委及市總工會(huì)的領(lǐng)導(dǎo)下，醫(yī)院建立了工會(huì)。同年11月，建立了新民主主義青年團(tuán)。
1952年7月，醫(yī)院與北京市婦嬰醫(yī)院合并，更名為“北京市同仁醫(yī)院”，增設(shè)了婦產(chǎn)科、小兒科。
1953年8月，北京市人民政府正式接管醫(yī)院，更名為“北京市立同仁醫(yī)院”。
1955年，醫(yī)院更名為“北京市同仁醫(yī)院”。
1958年10月，北京市政府決定將同仁醫(yī)院的神經(jīng)外科全部遷到以神經(jīng)外科為中心的宣武醫(yī)院。
1959年，眼科研究所成立，設(shè)有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長。
1966年，文化大革命開始后醫(yī)院更名為“北京市工農(nóng)兵醫(yī)院”。
1979年，醫(yī)院復(fù)名“北京市同仁醫(yī)院”。
1994年，更名為“首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京同仁醫(yī)院”。
在青光眼診斷技術(shù)和方法方面，我們擁有許多先進(jìn)設(shè)備：3D頻域OCT、海德堡視網(wǎng)膜斷層掃描儀(HRT)、GDx視網(wǎng)膜神經(jīng)纖維厚度測量儀、自動(dòng)視野計(jì)、多焦VEP、眼底立體照相、全景超聲生物顯微鏡(UBM)、前節(jié)OCT、鞏膜上靜脈壓測量儀、回彈式眼壓計(jì)、超聲角膜測厚儀、YAG激光機(jī)、SLT激光機(jī)等各類青光眼診療設(shè)備二十余臺(tái)，先進(jìn)程度與國際醫(yī)院保持同步?？蓪η喙庋巯嚓P(guān)各項(xiàng)生理指標(biāo)進(jìn)行客觀、定量的測量。自2009年設(shè)立了24小時(shí)眼壓監(jiān)測室，能夠?qū)η喙庋刍颊哐蹓鹤兓龀龈訙?zhǔn)確、的評價(jià)。
作為具有同仁特色的科室，眼外傷?？铺貏e注意與口腔頜面外科、神經(jīng)外科、鼻科等兄弟?？频暮献?，在交叉復(fù)合學(xué)科發(fā)展上在國內(nèi)獨(dú)樹一幟。眼外傷?？婆c耳鼻喉科成立了鼻眼相關(guān)中心，聯(lián)合開展了復(fù)合路徑下的眶壁骨折整復(fù)術(shù)、多重療法的視神經(jīng)管減壓術(shù)、合并鼻骨骨折的鼻淚道手術(shù)和眶-鼻竇異物取出、眶面復(fù)合創(chuàng)傷多學(xué)科多層次多斷面聯(lián)合;與神經(jīng)外科合作，率先開拓經(jīng)顱顯微視神經(jīng)管減壓開放術(shù)、眶顱異物取出術(shù)，大大提高了手術(shù)成功率。
北京同仁醫(yī)院眼科屈光手術(shù)中心在原衛(wèi)生部的批準(zhǔn)和支持下，于1993年率先在國內(nèi)開展了近視眼、遠(yuǎn)視眼、散光及弱視的成因及角膜屈光矯治手術(shù)。時(shí)至今日，已成為國內(nèi)每年完成屈光矯正類手術(shù)門診和手術(shù)總量多的屈光?？?，是國內(nèi)，具有國際影響力的屈光手術(shù)診療中心之一。
中心擁有一支實(shí)力雄厚的專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)，現(xiàn)有醫(yī)生8人，醫(yī)技9人，驗(yàn)光師2人，護(hù)士1人。具有博士學(xué)歷人員5人、碩士學(xué)歷人員7人、本科學(xué)歷人員8人。其中教授和主任醫(yī)師3人，副教授和副主任醫(yī)師4人，主治醫(yī)師1人，副主任技師1人，主管技師9人。博士生導(dǎo)師1人，已培養(yǎng)博士研究生、碩士研究生100余人，進(jìn)修醫(yī)生百余名。
為了大限度滿足患者門診、手術(shù)的需求，中心實(shí)行全年無限號(hào)門診，2017年門診量達(dá)6萬多人次，年手術(shù)量近1.5萬例。技術(shù)團(tuán)隊(duì)多年來積累了大量的臨床手術(shù)及并發(fā)癥處理方面的經(jīng)驗(yàn)。
