據(jù)醫(yī)院官網(wǎng)2015年12月信息顯示，醫(yī)院設置165個臨床、醫(yī)技科室，233個護理單元，擁有8個國家重點學科、1個國家重點實驗室、20個省部級及全軍重點實驗室、33個全軍醫(yī)學專科中心和研究所，形成了以綜合診療為特色的13項專業(yè)優(yōu)勢。同時是全軍重癥監(jiān)護示范基地和中華護理學會的培訓基地。設有國際醫(yī)學中心和健康醫(yī)學中心，提供高端預防保健服務。醫(yī)院年門急診量490余萬人，收容19.8萬人，手術近9萬例。

2019年7月由科技部、國家衛(wèi)生健康委、軍委后勤保障部和原食品藥品監(jiān)管總局正式批準依托解放軍總醫(yī)院第五醫(yī)學中心成立國家感染性疾病臨床醫(yī)學研究中心。研究中心整合國內(nèi)79家協(xié)作醫(yī)院，針對慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相關疾病等病種，建立病程涵蓋臨床各個階段的大隊列，同時建立標準化的生物樣本庫、臨床診療信息庫及的疾病發(fā)病追蹤系統(tǒng)，形成涵蓋重大感染性疾病及各個病程的資源平臺，終建立我國規(guī)范的病毒性肝炎、艾滋病臨床大數(shù)據(jù)及生物樣本庫整合平臺，形成專業(yè)的管理團隊，為建立符合我國人群特點的肝病、艾滋病診療體系提供重要戰(zhàn)略性資源。

在學科帶頭人陳香美院士帶領下，腎臟病醫(yī)學部1993年獲批碩士學位授予點，1998年獲批博士學位授予點，1999年獲批博士后流動站，2007年獲批集內(nèi)科學（腎病）國家重點學科、2008年獲批內(nèi)科學（腎?。┍本┦兄攸c學科。是國家衛(wèi)健委、北京市住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地、專科醫(yī)師培訓基地，國家衛(wèi)健委腹膜透析培訓示范中心，全軍野戰(zhàn)內(nèi)科學教學基地，中華護理學會及北京市血液凈化專科護士培訓基地，全軍重癥監(jiān)護專科護士培訓基地。

堅持臨床?？撇±斫虒W、理論授課、技能培訓、科主任教學查房、疑難病例討論，突出腎活檢病理、血液透析、腹膜透析、CRRT等專科特色?，F(xiàn)有博士生導師7人，碩士生導師13人，進修生指導老師54人，指導“四生”教學任務，培養(yǎng)研究生（含聯(lián)合培養(yǎng)），博士后21人（6位獲得博士后基金）、博士169人、碩士233人，規(guī)培生、進行生600余人。其中20人擔任全國三級甲等醫(yī)院的學科帶頭人，

獲得軍隊博士論文1篇、碩士論文2篇，全國百篇博士論文提名1篇。畢業(yè)的學生獲得求是杰出青年獎1名、中國青年科技獎2名、原總后科技新星2名、北京市科技新星6名。

作為教學示范窗口，接待到訪國內(nèi)外、軍內(nèi)外專家100余次。