在醫(yī)療實踐的同時，曾學軍教授致力于臨床醫(yī)學教育，任美國內科醫(yī)師學會（ACP）Fellow、美國醫(yī)學研究所（IOM）中國醫(yī)學教育代表。曾榮獲北京市高等教育改革二等獎、 “住院醫(yī)師心中好老師”、北京市師德先進個人、北京協(xié)和醫(yī)學院教學名師等榮譽，帶領普通內科獲得2015年北京協(xié)和醫(yī)學院教學團隊稱號。2019年2月入選十大社區(qū)健康促進首 席專家。

北京協(xié)和醫(yī)院風濕免疫科為了促進中國風濕病的普及與提高，自建科以來，堅持每年舉辦形式多樣的風濕病學講習班和學術會議，編著多部風濕病學專著，同時結合風濕病學臨床的需要開展科學研究，取得了極大的成績，是國家教委風濕病學博士學位授予點、風濕免疫內科博士后流動站、國家教委風濕病學重點學科單位、衛(wèi)生部住院醫(yī)師培訓基地、風濕免疫科?？评^續(xù)教育基地、風濕臨床試驗基地、教育部重點實驗室，風濕病學博士生/博士后培養(yǎng)單位，為全國培養(yǎng)了大量風濕病學的專業(yè)人才。

今天的北京協(xié)和醫(yī)院風濕免疫科，是醫(yī)療、教學、科研齊頭并進的科室典范，連續(xù)12年蟬聯(lián)復旦版《中國醫(yī)院?？坡曌u排行榜》風濕?？瓢袷?，連續(xù)9年在《中國醫(yī)院/中國醫(yī)學院校科技量值（STEM）》風濕病學與自體免疫病學中排名第 一，是中國風濕病學領域當之無愧的“領頭羊”。

重視科研是協(xié)和風濕免疫科的傳統(tǒng)?？剖?979年起就率先在全國進行自身抗體檢測的研究。1988年，“抗核抗體譜的建立及臨床應用研究”獲國家科技進步三等獎；1995年，“原發(fā)性干燥綜合征的系列研究”獲國家科技進步三等獎；近年來，獲北京市科學技術獎、中華醫(yī)學科技獎、華夏醫(yī)學科技獎等省部級獎項共計13項。