北京兒童醫(yī)院技術力量雄厚。擁有重點學科兒科學，國家兒童腫瘤監(jiān)測中心、國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學研究中心、國家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點單位等12個平臺，8個國家臨床重點專科，5個北京市重點實驗室，2個北京市級研究平臺以及16個市級醫(yī)療中心。醫(yī)院設有疑難罕見病例會診中心和遠程會診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內地位，是中華醫(yī)學會兒科學分會、兒外科分會，中國醫(yī)師協(xié)會小兒外科醫(yī)師分會，中華護理學會兒科專業(yè)委員會主任委員單位。

年來，為方便患者就醫(yī)，北京兒童醫(yī)院始終堅持24小時接診。醫(yī)院積極踐行公立醫(yī)院改革，推進預約掛號工作，優(yōu)化服務流程，改善患者就醫(yī)體驗，受到國家衛(wèi)生健康委的肯定和廣大群眾的認可。醫(yī)院還承擔了上級部門委派的重大兒童傳染病防治、抗震救災支援、突發(fā)公共衛(wèi)生事件救治等醫(yī)療任務。

北京兒童醫(yī)院醫(yī)院內分泌科開設肥胖與減重門診，篩查導致肥胖的內分泌疾病(如垂體、腎上腺、甲狀腺疾病、下丘腦綜合征等)，評估營養(yǎng)狀況，進行營養(yǎng)代謝狀態(tài)分析，并對患者進行個體化減重指導，幫助患者達到并維持目標體重。

內分泌科是醫(yī)院中一個專門內分泌科疾病的地方，主要負責糖尿病、肥胖癥、骨質疏松、痛風、脂質代謝紊亂以及甲狀腺、垂體、腎上腺、性腺、甲狀旁腺等疾病的臨床診治。