醫(yī)院擁有教育部兒科學國家重點學科和教學團隊，是首都醫(yī)科大學兒科醫(yī)學院和兒科學系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護理大專及繼續(xù)醫(yī)學教育等多層次教學任務(wù)，并設(shè)有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細胞移植科，同年 6月，干細胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細胞移植中心，現(xiàn)干細胞移植科分為2個病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個病區(qū)共20間百級移植倉，6間千級移植倉，2個干細胞采集室，1個干細胞實驗室，每年進行150-250例造血干細胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團隊分別長駐北京和保定同時開展干細胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗光配鏡中心、弱視訓練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時為北京市殘聯(lián)指定殘疾評估、康復中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。

開展的特色診療項目包括特發(fā)性眼球震顫等復雜斜視的手術(shù)及發(fā)病機制研究，兒童及嬰幼兒角膜移植手術(shù)，兒童眼球震顫及白內(nèi)障術(shù)后個性化視覺功能重建，早產(chǎn)兒視網(wǎng)膜病變的綜合診治，Ritleng淚道插管手術(shù)、微創(chuàng)淚道重建術(shù)、鼻內(nèi)窺鏡鼻腔淚囊吻合術(shù)等復雜兒童淚道疾病、利用GORE-TEX新型材料進行額肌懸吊術(shù)兒童上瞼下垂，先天性小瞼裂綜合征微創(chuàng)手術(shù)，視網(wǎng)膜母細胞瘤的個性化綜合， 360°微導管引導下小梁切開術(shù)先天性青光眼等。