醫(yī)院技術(shù)力量雄厚。擁有重點學科兒科學，國家兒童腫瘤監(jiān)測中心、國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學研究中心、國家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點單位等12個平臺，8個國家臨床重點?？?，5個北京市重點實驗室，2個北京市級研究平臺以及16個市級醫(yī)療中心。醫(yī)院設(shè)有疑難罕見病例會診中心和遠程會診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內(nèi)地位，是中華醫(yī)學會兒科學分會、兒外科分會，中國醫(yī)師協(xié)會小兒外科醫(yī)師分會，中華護理學會兒科專業(yè)委員會主任委員單位。

重點學科：

兒科學

● 國家臨床重點?？疲?

兒童重癥、小兒呼吸、中西醫(yī)結(jié)合兒科、小兒外科、臨床護理、兒童血液病、兒童腫瘤、耳鼻咽喉頭頸外科

● 平臺：

國家兒童醫(yī)學中心

國家兒童腫瘤監(jiān)測中心

國家兒童呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學研究中心

教育部兒科重大疾病研究重點實驗室

科技部兒童重大疾病國際科技合作基地

科技部兒童健康發(fā)展國際聯(lián)合研究中心

科技部創(chuàng)新人才培養(yǎng)示范基地

國家疑難病癥診治能力提升工程項目儲備庫

國家食品藥品監(jiān)督管理總局臨床試驗機構(gòu)

兒童白血病的國際化新藥臨床評價研究技術(shù)平臺

兒童示范性新藥臨床評價技術(shù)平臺

國家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點單位

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細胞移植科，同年 6月，干細胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細胞移植中心，現(xiàn)干細胞移植科分為2個病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個病區(qū)共20間百級移植倉，6間千級移植倉，2個干細胞采集室，1個干細胞實驗室，每年進行150-250例造血干細胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團隊分別長駐北京和保定同時開展干細胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗光配鏡中心、弱視訓練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時為北京市殘聯(lián)指定殘疾評估、康復中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。