先后獲國家科技進(jìn)步二等獎2項(xiàng)、省部級一等獎4項(xiàng)、何梁何利科學(xué)技術(shù)與進(jìn)步獎，談家楨生命科學(xué)臨床醫(yī)學(xué)獎，轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)杰出貢獻(xiàn)獎，吳階平醫(yī)藥創(chuàng)新獎，中國工程院光華工程科技獎。北京大學(xué)人民醫(yī)院血液科黃曉軍加急住院掛號

造血干細(xì)胞移植是白血病的有效方式,供者來源缺乏是一世界性難題，北京大學(xué)人民醫(yī)院黃曉軍團(tuán)隊(duì)在自創(chuàng)的粒細(xì)胞集落刺激因子誘導(dǎo)免疫耐受的基礎(chǔ)上，對單倍體移植技術(shù)的多個方面進(jìn)行了創(chuàng)新與改進(jìn)，形成國際公認(rèn)的原創(chuàng)非體外去T單倍體造血干細(xì)胞移植體系——“北京方案”；“北京方案”白血病取得與同胞全合一致的療效。２０１６年，該方案被世界骨髓移植協(xié)會推薦作為全球缺乏全相合供體的移植可靠方案；該方案還被寫入國際骨髓移植教材，并被美國、英國等國骨髓移植相關(guān)指南引用。

“北京方案”改變了全球造血干細(xì)胞移植的格局，近3年已成為我國來源類型的移植方式，也促進(jìn)了歐美單倍體移植的快速發(fā)展，使造血干細(xì)胞移植進(jìn)入“人人都有供者”的新時代. 主要貢獻(xiàn)如下： （1） 發(fā)展完善了國際原創(chuàng)的單倍體移植體系：突破免疫屏障，使造血干細(xì)胞移植這種白血病方法不再限于“配型相合”，“父母供子女，子女供父母”等“單倍體移植”模式取得與全合移植相同療效。此體系的發(fā)展與應(yīng)用成功解決了“供者匱乏”這一困擾全世界的關(guān)鍵臨床問題，迎來了“人人都有移植供者”新時代。 （2）移植合并癥防治：建立了以分層乃至個體化為特色的移植后白血病復(fù)發(fā)及移植物抗宿主病新型防治體系，臨床上實(shí)現(xiàn)了抗白血病效應(yīng)和移植物抗宿主作用分離，提高了患者生存。 （3）白血病分層與靶向：國際上首次證實(shí)口服砷劑可替代靜脈砷劑急性早幼粒細(xì)胞白血?。ˋPL），在此基礎(chǔ)上證實(shí)非高危APL患者口服砷劑聯(lián)合維甲酸即可獲長期生存，首次實(shí)現(xiàn)了不輸液、不化

2007年擔(dān)任國家杰出青年科學(xué)基金項(xiàng)目負(fù)責(zé)人，創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)帶頭人。負(fù)責(zé)承擔(dān)國家自然科學(xué)基金國家“863”基金、“985”基金、北京大學(xué)211基金、衛(wèi)生部基金、教育部博士點(diǎn)和“新世紀(jì)人才”等多項(xiàng)基金。發(fā)表論文100多篇，綜述10多篇，專著10部。1996年被評為碩士研究生導(dǎo)師，1999年獲北京市醫(yī)務(wù)工作者，2003年獲北京市五、四青年稱號，被評為博士生導(dǎo)師。2005年被評為教育部“新世紀(jì)人才”。在2006年獲中華醫(yī)學(xué)科技獎二等獎，2008年衛(wèi)生部吳楊獎獲得者，2008年中國醫(yī)師獎獲得者。