合同約定：預付款保函是為保障基礎交易合同中預付款的而設立的，合同雙方可根據(jù)交易的具體安排和需求，在合同中約定預付款保函的期限。比如在大型設備采購合同中，雙方可根據(jù)設備生產(chǎn)周期、運輸時間等因素，協(xié)商確定預付款保函的期限。

交易情況變化：若基礎交易因不可抗力、市場變化等因素導致預付款使用周期改變，雙方可協(xié)商調整保函期限。如在工程建設中，因自然災害導致工程延期，預付款使用時間延長，雙方可協(xié)商延長保函期限。

項目進度調整：若項目提前或推遲完成，預付款的返還或抵扣時間也會相應變化，此時可協(xié)商調整保函期限。如項目提前完工，預付款提前抵扣完畢，可協(xié)商提前終止保函期限。

從法律規(guī)定角度看

只要預付款保函期限的約定是在法律法規(guī)允許的范圍內(nèi)，且是合同雙方真實意思的表示，不存在欺詐、脅迫等違法違規(guī)情形，那么保函期限超過預付款使用期限是合法有效的，受到法律的保護。我國《民法典》等相關法律法規(guī)尊重當事人的意思自治，允許合同雙方根據(jù)實際情況協(xié)商確定保函期限等條款。