一般來說，正確安裝、選址和維護的化糞池系統(tǒng)不會對水質(zhì)產(chǎn)生不利影響。在某些情況下，設(shè)計可能需要進行高級處理以降低廢水強度、氮污染的影響，或者在靠近地表水的物業(yè)中包括。

如果系統(tǒng)出現(xiàn)故障或者是直接排放到地下水中的舊系統(tǒng)，則不會對廢水進行處理以降低病原體或營養(yǎng)物水平。如果該排放物靠近水體，可能會對水質(zhì)產(chǎn)生負面影響。

這些影響的例子可能包括：

影響飲用水井的病原體、化學(xué)物質(zhì)或營養(yǎng)物質(zhì)對地下水的污染。

地表水可能被大腸桿菌等病原體、化學(xué)物質(zhì)和包括氮和磷在內(nèi)的營養(yǎng)物質(zhì)污染。

病原體可能會導(dǎo)致休閑游泳區(qū)出現(xiàn)疾病，甚至需要關(guān)閉海灘并對人類和寵物造成危害。過量的氮和/或磷會導(dǎo)致藍藻或藍藻在短時間內(nèi)過度生長，從而引發(fā)藻類大量繁殖。藻類的過度生長會消耗氧氣并阻擋水下植物的陽光。當藻類終死亡時，水中的氧氣就會被消耗掉。這可能導(dǎo)致魚類和其他水生生物死亡并形成區(qū)域性“死區(qū)”。

沿海水域?qū)S池系統(tǒng)故障造成的氮污染更敏感。

淡水河流、湖泊和池塘對化糞池系統(tǒng)故障造成的磷污染更敏感。

可能需要在區(qū)域或流域?qū)用娼鉀Q彼此靠近的化糞池系統(tǒng)以及環(huán)境敏感地區(qū)的水體出現(xiàn)故障的累積影響。